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이번엔 준비된 scRNA는 어떤 과정으로 분석하는지 작성해보고자 한다. scRNA computational analysis 과정은 다음과 같다. normalization → batch effect removal → dimension reduction → clustering → cell annotation이다 이번 편은 Dimension reduction을 왜 해야되는지, dimension reduction하는 방법 3가지에 대해 공유하고자 한다. #Dimension reduction 을 하는 이유는 25,000여개에 달하는 유전자들 중에서 중요한 유전자("HVG": highly variable genes)들을 뽑아내기 위해서이다. 많은 유전자들 중에선 zero-count인 유전자들이 많고 이 모든 유전자..

※ Index 1. scRNA-seq 기본용어 2. scRNA 실험 techinques 3. scRNA 전체 분석 과정 4. 분석 방법: data preprocess(QC) → normalization → batch effect 나는 공부할 때 scRNA-seq이 RNA-seq보다 특별한 점이 뭐길래 쓰지? 란 관심을 가졌고, scRNA 데이터를 이해하기 위해선 scRNA 실험의 특징에 대해 이해할 필요를 느끼게 되었다. 실험을 통해 나온 scRNA-seq 데이터의 특징을 작성하고, 본격적으로 데이터를 분석하는 방법에 대해 공유하고 한다. #scRNA 기본 용어 scRNA 데이터를 알기 위해선 기본적으로 알아야 할 용어들이 있다. 바로 UMIs (Unique Molecular Identifiers)와 b..